Предисторията на института започва в далечната 1990 г., когато през месец декември се провежда международен семинар по предприемаческо обучение с участието на пет известни датски професори и консултанти. Март 1991 г. е началото на системното предприемаческо обучение в УНСС и България. Преподават се две дисциплини – „Основи на предприемачеството“ – задължителна и „Управление на малките и средни фирми“ – избираема.

Изпълняват се първите национални и международни проекти по предприемачество и се генерират собствени изследователски резултати, които се използват в обучението на студентите.

През 1997 г. в рамките на голям проект по програма "Темпус" се създава самофинансиращият се  Междууниверситетски център за развитие на предприемачеството, по-късно Институт за развитие на предприемачеството – пионер по онова време в Източна Европа, чийто приемник е настоящият Институт по предприемачество.

С натрупването на изследователски и педагогически резултати и опит се полагат основи за създаването на нова катедра. През 2006 г. новата катедра „Предприемачество“ е факт. През следващата  2007 г., се създава и специалност „Предприемачество“, бакалавърска степен. И катедрата и специалността са от „пионерите“ в Европа. Част от випускниците вече развиват свой собствен бизнес. Днес, след създаването си, новият Институт по предприемачество продължава учебната дейност на катедрата.

От есента на 2012 г. функционира и магистърска програма по „Фамилно предприемачество“ с партньорството на Сдружението на фамилен бизнес (FBN) в България, в която е предвидено участието на международно признати лектори и консултанти от други страни.